所有发酵的微生物属于“好氧的”都存在消泡的问题。据估计目前有机硅消泡剂在这些行业用量只占这些行业消泡剂总体使用量的1/10左右，甚至还不到。

同样使用消泡剂的另一大行业是生物发酵，它包括青霉素、土霉素等常用的抗菌素，兽药如杆菌肽锌，食品如谷氨酸、赖氨酸、柠檬酸、啤酒等等。凡是发酵的微生物属于“好氧的”都存在消泡的问题。据估计目前有机硅消泡剂在这些行业用量只占这些行业消泡剂总体使用量的1/10左右，甚至还不到，只是在发酵底料中用一些，用以在发酵初期抑制泡沫的产生， 在整个发酵过程中的消泡仍然在大量的使用聚醚。是普通乳液型有机硅消泡剂不能胜任发酵的特殊要求吗?回答是肯定的。

目前普通的乳液型有机硅消泡剂无法胜任发酵的特殊要求，因为发酵消泡剂在使用前要经过125℃以上高温杀菌，有的甚至还要加部分水稀释以后再高温杀菌。这个高温足以使所有的耐酸碱高温消泡剂(乳液型消泡剂)，产生破乳、漂油、分层、油水分离，而乳液型有机硅消泡剂只有当它是乳化状态时，才具有良好的消泡性;其次，有机硅乳液型消泡剂，对于粘度大的富含淀粉和蛋白质的起泡液，消泡速度慢、消泡效果差。这正好像聚醚类消泡剂用来消除表面活性剂水溶液的泡沫消泡慢、效果差一样。由于消泡理论国际上尚无统一的认识，因此学术界对它的研究一直在进行，国际上最新的消泡理论，把消泡剂分成“快消泡剂”和“慢消泡剂”两种类型，“快消泡剂”的消泡机理是所谓消泡活性物颗粒的“架桥”、“去湿”机理，而“慢消泡剂”的消泡机理是所谓“PBS区排湿”原理，两者机理不同。

耐酸碱高温消泡剂在发酵液中的快速消泡能力，使得它能在泡沫大量产生时迅速的消除泡沫，防止泡沫从发酵罐的排气孔溢出，造成染菌等生产事故;所以能在发酵行业得到广泛的应用。但是最大的缺点是没有抑泡能力，或者说抑泡能力极差。凡熟悉发酵的人都知道，当发酵的泡沫被加入聚醚消泡剂消除到能见到液面后，几乎在同时泡沫又开始生起，并逐渐积累上升到原来的高度，这期间并没有泡沫不再产生的时间，也就是常说的消泡剂的抑泡时间。这些缺陷是由聚醚的分子结构所决定的。